AutoSQLIndent
http://www.seiji-tsubosaki.net/AutoSQLIndent/ReadMe.html
JavaScriptとして実装されています。
比較的キレイな形で整形してくれます。
カンマやAND/ORの位置など、いくつかの整形の仕方を選択できるようになっています。
私の好みともほぼ一致しています。
SELECT COL1 , COL2 , COL3 FROM TABLE1 WHERE COL1 > 3 OR COL2 < 5 ORDER BY COL1 ASC