AutoSQLIndent

http://www.seiji-tsubosaki.net/AutoSQLIndent/ReadMe.html
JavaScriptとして実装されています。
比較的キレイな形で整形してくれます。
カンマやAND/ORの位置など、いくつかの整形の仕方を選択できるようになっています。
私の好みともほぼ一致しています。

SELECT
      COL1
    , COL2
    , COL3
FROM
      TABLE1
WHERE
    COL1 > 3
OR  COL2 < 5
ORDER BY
      COL1 ASC